Geboren am 5. Mai 1826 in der Stadt St. Petersburg des Russischen Reiches in der Familie von Gustav Adolf Fomich Gippius, einem Porträtmaler und Lithographen. Ottos jüngerer Bruder, Carl Gustav Gippius, war ebenfalls Architekt. Otto Gippius erhielt seine Ausbildung am St. Petersburger Gymnasium und am Polytechnischen Institut in Karlsruhe, das er 1849 mit einer Goldmedaille abschloss. 1853 erhielt er für seine Architekturzeichnungen den Titel eines freien Künstlers. Als Otto Gippius zu Bruder Karl im Kaukasus ankam, bereitete er Entwürfe für eine protestantische Kirche in Shamakhi vor (1868–1869). Er ist außerdem Autor der Orthodoxen Friedhofskirche in der Stadt Baku (1871–1872). In den Jahren 1875–1880 unternahm der Architekt ausgedehnte Reisen nach Aserbaidschan, in die Türkei, nach Griechenland und Italien, wo er zahlreiche Skizzen und Pläne anfertigte. Der Architekt Otto Gustav Gippius starb am 29. August 1883.